La Universidad Felipe II tendrá su sede social en la segunda planta del Palacio del Infante Don Luis en Boadilla del Monte. El Palacio está situado en la Avenida de Adolfo Suarez, 27 en Boadilla del Monte.

El Palacio del Infante Don Luis cuenta con un parking privado para el acceso en vehículo propio. La línea 3 del Metro Ligero de Madrid conecta Madrid capital (Colonia Jardín) con Boadilla del Monte. El Palacio se encuentra a 7 minutos de la Estación Boadilla Centro. También existen líneas interurbanas de autobuses que conectan con otros municipios de la zona este y la capital

Además de las instalaciones de la Sede Social en Boadilla del Monte, que será el Campus Rectorado, la Universidad Felipe II contará con otro Campus en Madrid capital dedicado a la docencia de los títulos oficiales de Grado, Máster y Doctorado.

El Campus Madrid estará localizado en la Avenida San Luis 77 en Madrid.

El Campus de Madrid cuenta con un parking privado para el personal y aparcamiento público (zona de libre aparcamiento alrededor del recinto) para el acceso en vehículo propio.

Este campus se encuentra a 6 minutos a pie de la estación de metro de Manoteras, que conecta la zona norte con el intercambiador de Avenida de América, y las estaciones de Diego de León y Argüelles, donde confluyen otras líneas de metro.